Antes de la jornada 16 el Granada jugó la vuelta de los dieciseisavos de la Copa del Rey ante el Córdoba CF con un empate en El Arcángel (1-1), mientras que la ida en Los Cármenes acabó con 1-0 para el Granada, así el Granada avanzó a octavos de final donde se enfrentaría al Sevilla. La jornada siguiente, el Granada golea a Osasuna en los Cármenes por 3-0 con goles de Youssef El-Arabi, camiseta Bélgica euro 2024 Guilherme Siqueira y Diego Buonanotte certificando prácticamente la permanencia que se convierte en matemática en la jornada 37 al caer derrotado en Mestalla ante el Valencia CF por 1-0. Sin embargo las victorias de Málaga Club de Fútbol ante el Deportivo de La Coruña y del Real Betis ante el Zaragoza dejan al Granada por tercer año consecutivo en Primera División. El máximo goleador de Suiza en el torneo fue Alexander Frei con 2 goles. Tras perder el primer partido frente a Suiza por 2-1 y vencer a Bélgica por 4-1, quedó empatada en la segunda posición con los helvéticos, por lo que hubo de ser necesario un partido de desempate para dilucidar qué selección acompañaría a los ingleses a los cuartos de final.
Un día después de esta derrota Joaquín Caparrós deja de ser entrenador del Granada. Además del entrenador el equipo ficha a nuevos refuerzos para la temporada. Para la temporada 2014-15 el Granada se hace con los servicios del entrenador sevillano Joaquín Caparrós. A partir de esta jornada, el Granada encajó tres derrotas consecutivas, una de ellas fue una goleada que le endosó el FC Barcelona por (6-0) y una derrota frente al Rayo Vallecano en Vallecas por (0-1) con un gol de Manucho en el último minuto. Tras una temporada de altibajos, entre los que se contaron con la destitución de Fabri González, que fue sustituido por Abel Resino, y una importante plaga de lesiones que afectó a jugadores importantes de la plantilla rojiblanca, el Granada logró la permanencia en Primera en la última jornada de liga, a pesar de caer derrotado por 1 a 0 en el Estadio de Vallecas ante el Rayo Vallecano con un gol de Raúl Tamudo en el descuento, ya que se vio favorecido por el resultado que se produjo en El Madrigal, donde el Villarreal C.F.
En la jornada 15 el Granada cae en casa ante el Sevilla FC por 1-2, y en la siguiente jornada derrota al Rayo Vallecano en el Estadio de Vallecas por 0-2. Tras este encuentro, el Granada encadena dos derrotas consecutivas frente a la Real Sociedad y frente a la UD Almería para finalmente en el último encuentro de la primera vuelta ganar al Real Valladolid por 4-0, tras haber hecho un gran partido. En la décima jornada cae derrotado ante el Real Madrid CF por 0-4 en el Estadio Nuevo Los Cármenes con dos goles de James Rodríguez, un gol de Cristiano Ronaldo y de Karim Benzema. En la tercera jornada el Granada no pasó del empate (0-0) ante el Villarreal CF en un encuentro que se disputó en el Nuevo Los Cármenes. En la decimocuarta jornada el Granada cayó derrotado por 4-0 en el Camp Nou frente al FC Barcelona. Ya en la jornada 38 y sin nada en juego, el Granada se despide de la temporada venciendo por 2 a 0 al Getafe CF con goles de Nolito y El-Arabi. La racha se rompe en la jornada 33 al vencer el conjunto nazarí en Barcelona al RCD Español por 0-1 con gol de Nolito y encadena con una victoria más por 1-0 con un tanto de Ighalo en Granada ante el Málaga Club de Fútbol y arranca un punto valioso de Anoeta al empatar 2-2 con la Real Sociedad con un gol en el minuto 93 de Recio.
En la cuarta jornada consigue una sorprendente victoria a domicilio ante el Athletic Club por (0-1) con un gol de John Córdoba. En la jornada 17, el Córdoba se vengó con una victoria en su estadio por (2-0). Con esta derrota, el Granada estaba en penúltima posición con tan solo 13 puntos y con Caparrós cada vez más cuestionado. Tras esta jornada se disputó la ida de los octavos de final de la Copa del Rey ante el Sevilla FC donde el Granada perdió (1-2) en el Estadio Nuevo Los Cármenes con goles de Gerard Deulofeu y Kevin Gameiro por parte sevillista y del debutante Lass Bangoura para el Granada, que llegó procedente del Rayo Vallecano en el mercado de invierno. Abel debutó en el banquillo del Granada en la jornada 20 con un empate (2-2) ante el Deportivo. En cuanto a la Copa del Rey, el Granada cayó en dieciseisavos ante la AD Alcorcón a la que ganó por 0-2 en el Estadio Santo Domingo pero el Granada perdió en el Nuevo Los Cármenes por 0-2, por lo que la AD Alcorcón forzó los penaltis en los que finalmente derrotó al Granada CF.