En 2005, todos los equipos de reserva de los clubes de la primera y segunda Bundesliga cambiaron su nombre de Amateure a II, lo que significa que FC Bayern Munich Amateure se convirtió en FC Bayern Munich II. Luego, ambos equipos de reserva descendieron a la tabla de la liga y, en 1963, cuando el sistema de la liga de fútbol alemana se modificó severamente, ambos se perdieron el partido mínimo para la nueva Amateurliga Bayern de un solo nivel. La fuerza laboral tardó cuatro temporadas en esta liga en volver a abrirse camino, mejorando año tras año y, en 1966-67, terminó primero y obtuvo el ascenso a la Bayernliga. Esta vez, solo tomó dos temporadas para que el personal regresara a la tercera división y otra victoria en la liga en 1973 hizo que el grupo volviera a subir. Repitió este logro en 1960-61, esta vez quedando en segundo lugar después de TSV 1860 Munich II. Después de quedar segundo en la temporada inaugural de la Regionalliga Bayern en 2012-13, el equipo ganó la liga al año siguiente. La primera aparición del equipo en la liga superior del fútbol bávaro, el grupo sur de la Amateurliga Bayern, se produjo en 1956, cuando recibió la tier-four 2nd Amateurliga Oberbayern A y pasó al siguiente nivel en la ronda de promoción.
La temporada 2018-19 fue más decepcionante para el Hoffenheim, ya que completó la parte trasera de su grupo de la Liga de Campeones con solo tres empates y tres derrotas mientras jugaba contra Manchester City, Lyon y Shakhtar Donetsk. Después de terminar su primera temporada en esta liga en la mitad de la tabla, terminó 1957-58 como subcampeón, dos puntos por detrás de su rival local, camisetas de futbol baratas el FC Wacker München. Bowen se coló detrás de cada uno de ellos y recibió el balón con un cabezazo inclinado, que pasó volando por encima de Aumann y le dio a Norwich una ventaja de dos goles. Norwich siguió lidiando con éxito con la presión ejercida por el Bayern de Múnich; incesantemente tenían a cada jugador, excepto a Sutton, detrás del balón. Después de una salida tardía de uno de los jugadores del Bayern, que golpeó a Sutton en lo alto de la espinilla derecha, la disciplina de Norwich se rompió rápidamente cuando Butterworth tomó represalias poco después con un golpe con los dos pies y le ganó una tarjeta amarilla. Sutton y Oliver Kreuzer saltaron por la pelota, que flotó sobre sus cabezas. Los anfitriones gastan una tonelada de dinero en música, comida y flores, camisetas de futbol baratas solo para que la compañía coma y funcione bien antes de que termine la fiesta. Un padre posiblemente tendría que estar a cargo de algunos de ellos, y hemos identificado cuáles de ellos.
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Después de dos partidos contra los campeones de la Regionalliga West, Fortuna Köln, se perdieron debido a la regla del gol de visitante, lo que convirtió a sus oponentes en uno de los tres equipos ascendidos a la tercera división. Después de terminar en su mayoría en la mitad del escritorio dentro de la liga, el Bayern ganó su primer título de liga en más de 30 años cuando ganó la Regionalliga en 2004. Siendo ya miembro de la liga más alta en la que se permiten equipos de reserva, el equipo no pudo ascender a la 2ª Bundesliga y tuvo que quedarse en esta etapa. En 2010-11 jugaron en la 3. Liga, habiendo certificado para su temporada inaugural en 2008, y han jugado constantemente en el tercer grado del fútbol alemán (el nivel más alto permitido para los equipos de reserva) – jugaron dentro de la Regionalliga Süd desde su formación en 1994 a 2008, cuando fue usurpado por la 3. Liga. En 2008, el equipo obtuvo el ascenso a la nueva 3. Liga, terminando octavo cuando se necesitaba un final entre los diez primeros. También sería miembro permanente de esta liga, perteneciendo a ella hasta 2008, cuando se formó la 3. Liga.